Il y a plusieurs façons de chercher des mouchards. L'une d'entre elles pourrait être de balayer la totalité du Registre et du disque dur à la recherche d'entrées et de fichiers suspects, ce qui prendrait beaucoup de temps. Spybot-S&D travaille différemment, et tire profit du fait que tous les mouchards doivent se fixer dans un nombre réduit d'emplacements dans le système pour être actifs. Il commence à chercher dans ces endroits, et suit les informations qu'il y trouve pour attraper le mouchard en entier.