Spybot-S&D peut démarrer en deux modes: Le Mode normal pour les nouveaux utilisateurs qui veulent seulement les fonctions de base, et le Mode avancé pour les utilisateurs professionnels et ceux qui veulent avoir plus de contrôle. Les deux modes sont disponibles dans la version gratuite.

Fonction	Mode normal	Mode avancé
Suppression des adware et spyware Suppression des dialers Suppression des keyloggers Suppression des trojans et autres méchancetés Suppression des traces d'utilisation	Oui	Oui
Base de données extensible par l'utilisateur	Oui	Oui
Suppression sécurisée des menaces en les déchiquetant	Oui	Oui
Sauvegarde de chaque problème retiré	Oui	Oui
Option d'exclusion pour ignorer certains problèmes particuliers	Oui (1)	Oui
Blocage permanent des téléchargements d'ActiveX menaçants Blocage permanent des cookies traceurs pour IE Blocage permanent des téléchargements menaçants dans IE	Oui	Oui
Paramètres de ligne de commande pour automatiser les tâches	Oui	Oui
Nombre de cibles	> 600	> 600
Nombre de fichiers et de lignes détectés	> 10000	> 10000
Informations détaillées sur les problèmes trouvés	Oui	Oui
Critères stricts pour définir les cibles	Oui	Oui
Fonction de mise à jour intégrée Mises à jour hebdomadaires Notification de mise à jour par mail	Oui	Oui
Support gratuit par email & forum	Oui	Oui
Réglages pour automatiser recherche, suppression et mise à jour	Non	Oui
Rapports système pour localiser des menaces même inconnues	Non	Oui
Skins pour adapter l'interface aux goûts de l'utilisateur	Non	Oui
(1) Ne peut être annulé qu'en mode avancé (2) Prévu dans un futur proche