Sim, o Spybot-S&D é totalmente compatível com o PE em geral e com o PEBuilder. Baixe o plugin necessário aqui, ou abra o programa normalmente a partir o disco rígido depois do inicialização em CD do PE.
Uma vez que o CD de inicialização do PE começar a rodar, O Spybot-S&D vai examinar automaticamente todos os registros e drives que encontrar (esta função está disponível fora do ambiente PE; leia este item do FAQ).